Większość zmian wynikających z ustawy nowelizującej weszło w życie z dniem 1 stycznia 2016r. Rozwiązanie polegające na wprowadzeniu obowiązku przesyłania danych w postaci Jednolitego Pliku Kontrolnego zacznie jednak obowiązywać z dniem 1 lipca 2016r, przy czym ustawodawca przewidział okres przejściowy dla małych i średnich przedsiębiorców (oraz podmiotów mikro) w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Na podstawie art. 29 ustawy nowelizującej w okresie od 1 lipca 2016r. do 30 czerwca 2018r. przedsiębiorcy Ci mogą przekazywać dane w postaci elektronicznej odpowiadającej zatwierdzonej strukturze logicznej Jednolitego Pliku Kontrolnego. Możliwość ta nie oznacza jednak bezwzględnego obowiązku przekazywania danych w takim formacie. Powinność ta będzie spoczywać na tych przedsiębiorcach dopiero od 1 lipca 2018r, czyli dokładnie 2 lata po tym, jak obowiązek ten obejmie dużych przedsiębiorców.